二级蛋白质数据库有哪些
二级蛋白质数据库主要包括以下几个:
1. Pfam:蛋白质结构家族的集合,网址为http://pfam.xfam.org/。
2. CATH:二级蛋白质结构库,网址为http://cathdb.info/。CATH名字分别是数据库中四种结构的分类层次的首字母,即蛋白质种类(class,C),蛋白质二级结构的构架(architecture,A),蛋白质的拓扑结构(topology[fold],T),蛋白质同源超家族(homologous superfamily,H)。
3. SCOP2:二级蛋白质结构数据库,网址为http://scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk/ 或 http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop2/。SCOP2分类基于四个层次:类(二级结构成分)、家族(空间几何关系)、超家族(远源的蛋白质进化关系)和折叠(相近的蛋白质进化关系)。
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